Populacja badana i źródła danych

Badanie zostało przeprowadzone na mieszkańcach Kataru. Przeanalizowaliśmy informacje z krajowych, sfederowanych baz danych dotyczące szczepień przeciwko Covid-19, badań laboratoryjnych, hospitalizacji i zgonów. Dane te zostały pobrane ze zintegrowanej ogólnokrajowej cyfrowej platformy informacyjnej zdrowia. Bazy danych zawierały wszystkie dane związane z SARS-CoV-2 i powiązane informacje demograficzne od początku pandemii. Te bazy danych zawierają, bez brakujących informacji, wyniki wszystkich testów reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) oraz, ostatnio, szybkich testów antygenowych przeprowadzonych w placówkach opieki zdrowotnej w dniu 5 stycznia 2022 r. lub później.

Wszystkie testy PCR (ale nie szybkie testy antygenowe) wykonywane w Katarze są klasyfikowane na podstawie objawów i powodu badania. Spośród wszystkich testów PCR przeprowadzonych podczas tego badania 19,2% wykonano z powodu objawów klinicznych. Katar ma niezwykle młodą, zróżnicowaną populację – tylko 9% jego mieszkańców ma 50 lat lub więcej, a 89% to emigranci z ponad 150 krajów.10 Katar uruchomił program szczepień przeciwko Covid-19 w grudniu 2020 r. ze szczepionkami BNT162b2 i mRNA-1273.11 Dalsze opisy badanej populacji i krajowych baz danych zostały przedstawione wcześniej.4.10-15

Projekt badania

W badaniu oceniano skuteczność wcześniejszego zakażenia, szczepienia BNT162b2 lub mRNA-1273 oraz odporności hybrydowej (poprzednie zakażenie i szczepienie) przeciwko objawowemu zakażeniu BA.1, BA.2 oraz wszelkim zakażeniom omikronowym.2.15-18 Zastosowaliśmy test ujemny, przypadek – kontrola, w którym oszacowania skuteczności uzyskano porównując szanse wcześniejszego zakażenia lub szczepienia lub obu tych przypadków wśród uczestników przypadku (osoby z pozytywnym wynikiem testu PCR) z tymi wśród kontroli (osoby z ujemnym wynikiem PCR) .2.15-18 Oceniliśmy również skuteczność wobec każdego ciężkiego, krytycznego lub śmiertelnego przypadku Covid-19.

Aby oszacować skuteczność przeciwko objawowym zakażeniom, dokładnie dopasowaliśmy przypadki i grupy kontrolne, które zostały zidentyfikowane od 23 grudnia 2021 do 21 lutego 2022. Uczestnicy przypadku i grupy kontrolne zostały dopasowane w stosunku 1:1 w zależności od płci, 10-letnia grupa wiekowa , narodowość i tydzień kalendarzowy testu PCR. Przeprowadzono dopasowanie, aby kontrolować znane różnice w ryzyku narażenia na SARS-CoV-2 w Katarze.10,19,20 Wcześniej wykazano, że dopasowanie według tych czynników zapewnia odpowiednią kontrolę różnic w ryzyku narażenia na SARS-CoV-2 w badaniach o różnych projektach, z których wszystkie obejmowały grupy kontrolne, takie jak badania z ujemnym wynikiem testu, badania przypadków – kontrolne.11,12,15,21,22 Aby ocenić skuteczność wobec każdego ciężkiego, krytycznego lub śmiertelnego przypadku Covid-19, zastosowaliśmy stosunek dopasowania 1: 5, aby poprawić statystyczną precyzję szacunków.

Uwzględniono tylko pierwszy test PCR-dodatni, który został zidentyfikowany dla indywidualnego uczestnika w okresie badania, ale uwzględniono wszystkie testy PCR-ujemne. Kontrole obejmowały osoby, które w okresie badania nie uzyskały wyniku testu PCR-dodatniego. W analizach wykorzystano wyłącznie testy PCR przeprowadzone ze względu na objawy kliniczne.

Ponowna infekcja SARS-CoV-2 jest konwencjonalnie definiowana jako udokumentowana infekcja, która występuje co najmniej 90 dni po wcześniejszej infekcji, aby uniknąć błędnej klasyfikacji przedłużonej dodatniej reakcji PCR jako reinfekcji, jeśli stosuje się krótszy odstęp czasu.2,23 Wcześniejsze zakażenie zdefiniowano zatem jako test PCR-dodatni, który wystąpił co najmniej 90 dni przed testem PCR zastosowanym w badaniu. Wykluczono testy dla osób, u których testy PCR-dodatnie wystąpiły w ciągu 90 dni przed testem PCR zastosowanym w badaniu. W związku z tym poprzednie infekcje w tym badaniu uznano za spowodowane wariantami innymi niż omikron, ponieważ wystąpiły przed falą omikronu w Katarze.2-4

Z analiz wyłączono testy PCR dla osób, które otrzymały szczepionki inne niż BNT162b2 lub mRNA-1273 oraz testy dla osób, które otrzymały szczepionki mieszane. Wykluczono testy, które miały miejsce w ciągu 14 dni po drugiej dawce lub 7 dni po trzeciej dawce szczepionki. Te kryteria włączenia i wyłączenia zostały wdrożone, aby umożliwić wzrost odporności po szczepieniu4.14 oraz zminimalizować różne rodzaje potencjalnych błędów systematycznych, zgodnie z wcześniejszymi analizami w tej samej populacji.12.22 Każda kontrola, która spełniała kryteria włączenia i mogła być dopasowana do przypadku, została uwzględniona w analizach.

Porównaliśmy pięć grup z grupą bez wcześniejszej infekcji i bez szczepień. Pięć grup scharakteryzowano według rodzaju narażenia: przebyte zakażenie bez wcześniejszego zakażenia, dwudawkowe szczepienie bez wcześniejszego zakażenia, dwudawkowe szczepienie i wcześniejsze zakażenie, trzydawkowe szczepienie bez wcześniejszego zakażenia oraz trzydawkowe szczepienie i przebyte zakażenie . Grupy określono na podstawie stanu wcześniejszych zdarzeń immunologicznych (poprzednie zakażenie lub szczepienie) w czasie testu PCR.

Klasyfikacja ciężkich,8 krytyczny,8 i śmiertelne9 Przypadki Covid-19 były zgodne z wytycznymi Światowej Organizacji Zdrowia, a oceny dokonywał przeszkolony personel medyczny z wykorzystaniem indywidualnych przeglądów wykresów w ramach krajowego protokołu stosowanego wobec hospitalizowanych pacjentów z Covid-19. Szczegóły dotyczące klasyfikacji ciężkości, krytyczności i śmiertelności Covid-19 znajdują się w Sekcji S1 w Dodatek uzupełniający.

Metody laboratoryjne i ocena podwariantowa

Duża fala omikronowa w Katarze rozpoczęła się 19 grudnia 2021 r., a jej szczyt osiągnął w połowie stycznia 2022 r.2-4 W sumie 315 losowych próbek SARS-CoV-2 – dodatnich, pobranych od 19 grudnia 2021 do 22 stycznia 2022, poddano sekwencjonowaniu wirusowego całego genomu na urządzeniu do sekwencjonowania GridION (Nanopore Technologies). Spośród tych próbek potwierdzono, że 300 (95,2%) to zakażenia omikronowe, a 15 (4,8%) to zakażenia delta (lub B.1.617.2)1 infekcje.2-4 Spośród 286 zakażeń omikronowych z potwierdzonym statusem podwariantowym 68 (23,8%) było BA.1 i 218 (76,2%) było BA.2.

Użyliśmy zestawu TaqPath COVID-19 Combo Kit (Thermo Fisher Scientific), który testuje gen spike (S) SARS-CoV-2 i mutację 69-70del w genie S,24 do identyfikacji infekcji BA.1 i BA.2. Awaria celu genu S została użyta jako proxy dla infekcji BA.1, a awaria celu innego niż gen S została użyta jako proxy dla infekcji BA.2. Dodatkowe szczegóły dotyczące laboratoryjnych metod odwrotnej transkryptazy w czasie rzeczywistym – ilościowego badania PCR przedstawiono w rozdziale S2.

Przeoczenie

To retrospektywne badanie zostało zatwierdzone przez instytucjonalną komisję rewizyjną w Hamad Medical Corporation i Weill Cornell Medicine – Katar, z zastrzeżeniem udzielenia świadomej zgody. Raportowanie tego badania jest zgodne z wytycznymi Wzmocnienie raportowania badań obserwacyjnych w epidemiologii (Tabela S1). Fundatorzy badania nie odgrywali żadnej roli w projektowaniu badania, gromadzeniu danych, analizie danych, interpretacji danych ani pisaniu manuskryptu. Wszyscy autorzy przyczynili się do zebrania i pozyskania danych, dyskusji i interpretacji wyników oraz napisania manuskryptu. Wszyscy autorzy przeczytali i zatwierdzili ostateczny rękopis.

Analiza statystyczna

Chociaż wszystkie zapisy testów PCR zostały zbadane pod kątem selekcji przypadków i kontroli, przeanalizowano tylko dopasowane próbki. Przypadki i kontrole opisano za pomocą rozkładów częstości i miar tendencji centralnej i porównano za pomocą standaryzowanych różnic średnich. Standaryzowaną średnią różnicę zdefiniowano jako różnicę między średnią wartością zmiennej towarzyszącej w jednej grupie a odpowiadającą wartością średnią zmiennej towarzyszącej w drugiej grupie, podzieloną przez zsumowane odchylenie standardowe, z wartościami mniejszymi niż 0,1 wskazującymi na odpowiednie dopasowanie .25

Iloraz szans, który porównywał szanse wcześniejszego zakażenia lub szczepienia lub obu tych przypadków w grupie kontrolnej i związane z nimi 95% przedziały ufności, uzyskano za pomocą warunkowej regresji logistycznej. To podejście analityczne, które obejmuje również dopasowanie zgodnie z tygodniem kalendarzowym testu PCR, minimalizuje potencjalną stronniczość ze względu na zmienność fazy epidemii16.26 i wprowadzenie szczepień w okresie badania.16.26 Przedziały ufności nie zostały dostosowane do wielokrotności i dlatego nie powinny być wykorzystywane do wywnioskowania ostatecznych różnic między grupami narażenia. Interakcje nie były badane. Skuteczność i związane z nią 95% przedziały ufności obliczono jako 1 minus iloraz szans wcześniejszego zakażenia lub szczepienia lub obu tych przypadków w porównaniu z grupą kontrolną.16,17 Grupa referencyjna dla wszystkich szacunków obejmowała osoby bez wcześniejszej infekcji i bez szczepień.

Przeprowadzono dodatkową analizę w celu zbadania skutków wcześniejszego zakażenia, szczepienia dwudawkowego i szczepienia trójdawkowego w funkcji czasu od zdarzenia immunologicznego (poprzednie zakażenie lub szczepienie). W analizie tej zastosowano to samo podejście, co w analizie pierwotnej, ale ze stratyfikacją według czasu od ostatniego zdarzenia immunologicznego.

Uznawano, że osoba miała poprzedni pozytywny test, jeśli ten test był pozytywny w teście PCR. Przeprowadzono analizę wrażliwości skuteczności przeciwko objawowemu zakażeniu omikronem, ale poprzednie pozytywne testy były oparte na pozytywnym PCR, jak również pozytywnych szybkich testach antygenowych, w celu zbadania, czy wykluczenie szybkiego antygenu – pozytywne testy mogły zafałszować nasze szacunki. Analizy statystyczne przeprowadzono przy użyciu oprogramowania Stata/SE w wersji 17.0 (StataCorp).

By admin

Leave a Reply

Your email address will not be published.